Od 2010 roku pełnił funkcję proboszcza w parafii pod wezwaniem Najświętszego Serca Pana Jezusa w Kluczborku. W latach 1986 – 1989 pełnił posługę w Nysie, w parafii Narodzenia św. Jana Chrzciciela; w latach 1989 – 1992 w Opolu, w parafii Matki Bożej Bolesnej i św. Wojciecha. Przez 18 lat (1992-2010) był dyrektorem Diecezjalnego Domu Formacyjnego w Raciborzu-Miedoni. 31 maja ks. Hubert Czernia skończył 60 lat.
Uroczystości żałobne:
– Eksportacja – środa 3 listopada o godz. 19.30 w kościele Najśw. Serca Pana Jezusa w Kluczborku
– Msza żałobna – czwartek 4 listopada o godz. 11.00 w kościele Najśw. Serca Pana Jezusa w Kluczborku; po Mszy dalszy ciąg ceremonii na cmentarzu w Kluczborku.